knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
# Carga de paquetes
library(dplyr)
library(sf)
library(DT)
library(plotly)
library(leaflet)
# Registros de presencia de JUnco vulcani
primates <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/primates-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
# Asignacion de CRS
st_crs(primates) = 4326
# Capa geoespacil de cantones
# Carga de la capa de cantones
cantones <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_cantones_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
# Cruce espacial con la tabla de cantones, para obtener el nombre del cantón
primates <-
primates %>%
st_join(cantones["canton"])
Se utilisa el conjunto de datos sobre 4 especies de primates de Costa Rica.
# Tabla de registros de presencia
primates %>%
st_drop_geometry() %>%
select(family, species, stateProvince, canton, locality, eventDate) %>%
datatable(
colnames = c("Familia","Especie","Provincia", "Canton", "Localidad", "Fecha"),
options = list(searchHighlight = TRUE)
)
# cargar colores
colors <- c('rgb(211,94,96)', 'rgb(128,133,133)', 'rgb(144,103,167)', 'rgb(171,104,87)')
#grafico pastel
plot_ly(
primates,
labels = ~ species,
type = "pie",
textposition = "inside",
textinfo = "label+percent",
insidetextfont = list(color = "#FFFFFF"),
marker = list(colors = colors)) %>%
layout(
title = "Cantidad de registros para cada especie de primate",
xaxis = list(
showgrid = FALSE,
zeroline = FALSE,
showticklabels = FALSE
),
yaxis = list(
showgrid = FALSE,
zeroline = FALSE,
showticklabels = FALSE
)
)
primates %>% st_drop_geometry() %>% group_by(mes = format(as.Date(eventDate, “%Y-%m-%d”), “%m”)) %>% summarize(suma_registros = n()) %>% filter(!is.na(mes)) %>% plot_ly(x = ~ mes, y = ~ suma_registros) %>% layout(title = “Registros de terciopelos (Bothrops asper) por mes”, xaxis = list(title = “Mes”), yaxis = list(title = “Cantidad de registros”)) # Mapa